يعد تخصص هندسة الأجهزة الطبية ثالث تخصصات دائرة الهندسة الكهربائية من حيث الافتتاح، حيث تم البدء في تطبيق البرنامج في عام 1997م. وقد تم إعداد خطته التعليمية لإعداد مهندسين كهربائيين متخصصين في تصميم وتطوير وفحص الأجهزة الطبية لخدمة المجتمع الفلسطيني. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 161 ساعة معتمدة.

• إعداد مهندسين مؤهلين ومزودين بالمعرفة العلمية المتخصصه في مجال تصميم وتطوير وفحص وصيانة الأجهزة الطبية.
• خدمة القطاع الصحي من خلال تزويده بمهندسين متميزين قادرين على تلبية احتياجات سوق العمل.
• إعداد خريجين متميزين لديهم المهارات اللازمة للقبول في الدراسات العليا.
• تعزيز الشراكة بين الجامعة ومؤسسات القطاع الصحي المختلفة لتنمية المجتمع.

يكتسب خريجو البرنامج المهارات اللازمة للسير قُدُمًا ضمن مساراتهم المهنية مباشرة على مستوى وطني، أو دولي. حيث المهارات المعرفية والادراكية والاتصال والعمل.

1. أقسام الصيانة في المستشفيات والمراكز الصحية. 
2.  شركات توريد الأجهزة والمعدات الطبية.
3. المؤسسات الصناعية والتجارية ذات العلاقة بإنتاج وإدارة وتسويق الأجهزة والأدوات الطبية.
4. المؤسسات الصناعية والتجارية ذات العلاقة بالهندسة الكهربائية.
5. المؤسسات الحكومية المختلفة كالوزارات.
6. الجامعات والمؤسسات التعليمية.