يعد تخصص هندسة الأجهزة الطبية ثالث تخصصات دائرة الهندسة الكهربائية من حيث الافتتاح، حيث تم البدء في تطبيق البرنامج في عام 1997م. وقد تم إعداد خطته التعليمية لإعداد مهندسين كهربائيين متخصصين في تصميم وتطوير وفحص الأجهزة الطبية لخدمة المجتمع الفلسطيني. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 161 ساعة معتمدة.

انطلق برنامج هندسة الأتمتة الصناعية في عام 1994م كثاني تخصص في دائرة الهندسة الكهربائية. وتركزت أهدافه على توفير الكوادر الهندسية اللازمة لدعم الصناعة في فلسطين وإعداد المهندسين لتصميم وتشغيل وتطوير أنظمة التحكم والأنظمة الصناعية باستخدام أحدث تقنيات التحكم الآلي التقليدي والمحوسب. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 160 ساعة معتمدة.