انطلق برنامج هندسة الأتمتة الصناعية في عام 1994م كثاني تخصص في دائرة الهندسة الكهربائية. وتركزت أهدافه على توفير الكوادر الهندسية اللازمة لدعم الصناعة في فلسطين وإعداد المهندسين لتصميم وتشغيل وتطوير أنظمة التحكم والأنظمة الصناعية باستخدام أحدث تقنيات التحكم الآلي التقليدي والمحوسب. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 160 ساعة معتمدة.