نطلق البرنامج عام 1998م بانطلاق تخصص فريد من نوعه على مستوى الجامعات المحلية وهو برنامج بكالوريوس في الهندسة المدنية فرع هندسة المساحة والجيوماتكس حيث يتعرف الطالب فيه على الأسس العلمية والهندسية لهذا المجال والتقنيات الحديثة المعمول بها في هذا المجال.

 في العام 2003م بدأ التدريس في برنامج بكالوريوس الهندسة المعمارية، وهو تخصص مميز في كلية الهندسة حيث أن طلبة هذا التخصص يُتوقع أن يقوموا بعدة أمور من أهمها: تهيئة البنية التحتية لمنطقة الجنوب الفلسطيني من أجل المساهمة في النهضة العمرانية للمنطقة. التصدي للتحدي الحضاري الذي تواجهه منطقة الخليل وذلك بوجود المستوطنات الإسرائيلية داخلها وذلك بالمحافظة على التراث وفهم التاريخ وتنمية المنطقة لتقف نداً قوياً لسياسات التهويد.

في عام 1995 بدأ التدريس ببرنامج بكالوريوس هندسة مدنية فرع هندسة المباني. حيث يدرس الطالب من خلال هذا التخصص المفاهيم الرئيسية لتصميم المباني وتنفيذها وذلك من النواحي المعمارية والإنشائية والكهربائية والميكانيكية، وتكمن أهمية هذا التخصص في أنه يتعامل وبشكل مباشر مع احتياجات المواطن العادي في مشاريعه الصغيرة (بيوت، منشآت تجارية)، إذ إن مثل هذه المشاريع تغطي ما نسبته 70% من المشاريع الإنشائية في فلسطين. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 160 ساعة معتمدة.

في مطلع العام الأكاديمي 2003، شهدت الدائرة انطلاق تخصص فريد آخر، وهو تخصص التكييف والتبريد. يركز التخصص على تزويد الطلبة بجميع العلوم الأساسية في الهندسة الميكانيكية، والعلوم التخصصية الحديثة في مجال هندسة التكييف والتبريد والتي تشمل أنظمة التحكم عن بعد. لما في ذلك من واجب وطني وأخلاقي وعلمي تجاه المجتمع لرفع المستوى الاجتماعي والتقني والوطني في هذا المجال. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 163 ساعة معتمدة.

تتعلق هندسة الميكاترونكس بدمج وتكامل كل من الهندسة الميكانيكية والهندسة الالكترونية اضافة الى برمجة الحاسوب وهندسة التحكم ضمن اطار موحد بهدف تصميم وتطوير الاجهزة والالات والمعدات التي تتسم بالسرعة والدقة والاداء المميز، ويتضمن ذلك  الاجهزة الذكية والالات والانظمة التي تحتوي على المحركات لتحريك الاجزاء الميكانيكية، والمتحكم الدقيق أو الحاسوب للتحكم في حركة الاجزاء، واجهزة القياس والمجسات لرصد حالة النظام وحركته، والالكترونيات والدوائر الكهربائية لربط اجزاء النظام ببعضها.

انطلق برنامج هندسة السيارات في عام 1990م كأول تخصص في دائرة الهندسة الميكانيكية. وتركزت أهدافه على خدمة رؤية الجامعة في توفير الكوادر الهندسية اللازمة القادرة على التعامل مع جميع الأنظمة الميكانيكية والتكنولوجية المتطورة وفقاً للمعايير الهندسية المعمول بها في الدول المتقدمة. يأتي ذلك استجابة لحاجة السوق المحلي، حيث أصبحت الاستعانة بالمهندسين المختصين في فروع الهندسة الميكانيكية المختلفة ضرورية لدعم الصناعة في فلسطين. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 163 ساعة معتمدة.

إنطلق تخصص هندسة تكنولوجيا الطاقة في العام الأكاديمي 2010/2011 حيث يهدف الى اعداد خريج متخصص فى مجال هندسة القوى الكهربائية وأنظمة الطاقة المتجددة، وذلك بهدف تزويد السوق بما يحتاجه من الكوادر البشرية المتخصصة في هذا المجال بمستوى أكاديمي عالي وقدرات تقنية تمكنهم من التعامل مع المشاكل المختلفة و خدمة المجتمع وتنمية البيئة وإكساب الطالب المهارات الحياتية المطلوبة للمهندس والتي من ضمنها الإلتزام بأخلاق المهندس ، هذا بالإضافة إلى القيام بالأبحاث والدراسات في مجالات التخصص المختلفة وتشجيع البحث العلمي، وعليه سيتم إطلاق برنامجي الماجيستير في الطاقة الكهربائية والطاقة

في مطلع العام الأكاديمي 2006/2007، شهدت الدائرة انطلاق تخصص فريد، وهو تخصص هندسة الاتصالات. يركز التخصص على مجالات الاتصالات والالكترونيات بما يحويه من مساقات تخصصية مختارة بعناية شديدة لتلبي احتياجات المجتمع الفلسطيني من المهندسين في هذه المجالات، وبما يحقق للخريجين فرص عمل وفيرة في السوق المحلي والعربي والدولي. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 164 ساعة معتمدة.

يعد تخصص هندسة الأجهزة الطبية ثالث تخصصات دائرة الهندسة الكهربائية من حيث الافتتاح، حيث تم البدء في تطبيق البرنامج في عام 1997م. وقد تم إعداد خطته التعليمية لإعداد مهندسين كهربائيين متخصصين في تصميم وتطوير وفحص الأجهزة الطبية لخدمة المجتمع الفلسطيني. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 162 ساعة معتمدة.

انطلق برنامج هندسة الأتمتة الصناعية في عام 1994م كثاني تخصص في دائرة الهندسة الكهربائية. وتركزت أهدافه على توفير الكوادر الهندسية اللازمة لدعم الصناعة في فلسطين وإعداد المهندسين لتصميم وتشغيل وتطوير أنظمة التحكم والأنظمة الصناعية باستخدام أحدث تقنيات التحكم الآلي التقليدي والمحوسب. تمتد الدراسة في هذا البرنامج لمدة خمس سنوات بواقع 165 ساعة معتمدة.